জাহাঙ্গীর আলম চৌধুরীর দায়িত্ব পালনকালে সিভিল সার্জন কার্যালয়ের অধীনে স্বাস্থ্য সহকারীসহ ১৭১টি পদে নিয়োগ পরীক্ষাকে কেন্দ্র করে অনিয়মের অভিযোগ উঠেছিল।